sábado, 6 de agosto de 2011

Un nuevo método de amplificación del material genético abre puertas al análisis de eventos moleculares

Marco Antonio Mendoza; PhD.
Estrasburgo-Francia

El estudio de los eventos moleculares que regulan la homeostasis celular en todos sus ámbitos depende en gran parte en el análisis del material genético, la molécula del ADN, y mas específicamente en la capacidad de los métodos actuales a acceder a esta información. Desde su creación, en 1983 por Kary Mullis, la reacción de polimeracion en cadena, mas conocida como PCR, es la metodología universal para el estudio del material genético, razón por la cual K. Mullis recibió el premio Nobel en 1993.
La característica principal del método de PCR es la capacidad de poder amplificar el material genético de interés de forma exponencial y por consecuencia permitir el análisis de cantidades ínfimas, como es el caso en aplicaciones forenses o paleontologicas. De la misma forma, variantes de esta metodología fueron desarrolladas afín de poder amplificar no solamente una región de interés, mas al contrario poder amplificar genomas enteros; sin embargo, estudios a esta escala demostraron que la PCR presentaba diferentes eficacidades de amplificación por region genomica. Actualmente es largamente documenta la influencia del contenido nucleico en la eficacidad de amplificación de la PCR (“GC-rich bias”), sin embargo la utilización de la PCR como método de amplificación genómica se realiza actualmente debido a la ausencia de una metodologia alternativa.
Este pasado 6 de junio publicamos en el periódico internacional “Nature methods” una nueva metodología de amplificación del material genético basada en su amplificación linear pero con sensibilidades comparables a aquella de la PCR. Esta metodología, llamada LinDA (Linear DNA amplificación), permite la amplificación de muestras de ADN a nivel genómico con una sensibilidad tal que 30 picogramos. De la misma forma, estudios de immunoprecipitacion de la chromatina evaluadas por métodos de secuenciación en masa (ChIP-seq) fueron realizados con cantidades tales que 5000 células demostrando de esta forma la capacidad de amplificación de esta metodología, sin presentar una preferencia relacionada al contenido nucleico como en el caso de la PCR y todo esto guardando una alta specificidad durante el proceso.
A apenas un par de meses después de la publicación de este método, la comunidad científica mundial esta mostrando su gran interés en la aplicación de LinDA; prueba de ello, podemos constatar la aparición de muchos “blogs científicos” describiendo la metodologia asi que sus potenciales aplicaciones; y por otro lado recibimos de forma periodica e-mails /visitas de personas interesadas a conocer mas detalles a este respecto.
Esperamos ansiosos en los próximos años, constatar la utilización de LinDA en diferentes temáticas y por nuestra parte consideramos explotar esta metodologia para el estudio de eventos a nivel celular tanto en temáticas relacionadas al estudio de los eventos moleculares en diferenciación celular, senescencia y oncología entre otros.

Single-tube linear DNA amplification (LinDA) for robust ChIP-seq
Pattabhiraman Shankaranarayanan, Marco-Antonio Mendoza-Parra, Mannu Walia, Li Wang, Ning Li, Luisa M Trindade & Hinrich Gronemeyer