viernes, 22 de mayo de 2009

X-TRA-NET ChIP-Seq workshop (June 24-25, 2009)




domingo, 10 de mayo de 2009

Larga vida al método científico!


La llegada de nuevas tecnologías capaces de estudiar los eventos moleculares que tienen lugar en sistemas biológicos desde un punto de vista global, tales que la genómica o la transcriptómica, han revolucionado la forma de estudiar los procesos biológicos tanto por la impresionante cantidad de información que estos producen, pero también por las preguntas que se han generado con respecto a la forma de definir el método científico alrededor de tales técnicas.
Durante nuestro aprendizaje en el campo de la ciencia, todos podemos recordar la introducción al método científico en el cual una pregunta precisa acompañada de una posible explicación (Hipótesis) es seguida del establecimiento de un experimento capaz de poder ya sea confirmar la hipótesis inicial o rechazarla. Aun si el método científico fue y es utilizado en la elaboración de la mayoría de los proyectos de investigación; el proyecto de la secuenciación del genoma humano fue uno de los primeros en crear gran controversia sobre la continuidad en la concepción de proyectos basados en la utilización de este. En efecto, el hecho mismo de determinar la secuencia completa del genoma de un organismo por el simple echo de aumentar la comprensión del rol que tiene el ADN en su estructuración deja de lado la necesidad de una hipótesis previa a ser ya sea confirmada o rechazada por la experimentación establecida. Sin duda alguna, la secuenciación del Genoma humano así que de todos los otros organismos modelo (E. Coli, septiembre 1997; S. cerevisiae, Mayo 1997; C. elegans, Diciembre 1998; D. melanogaster, Marzo 2000; A. Thaliana, Diciembre 2000; H. sapiens, Febrero 2001) han cambiado drásticamente la visión en el estudio de sistemas biológicos al hacer posible de obtener cantidades inmensas de información en un corto tiempo sobre por ejemplo la expresión de los diferentes genes que forman parte de un organismo (análisis transcriptomico), así como la regulación de esta expresión génica a través de la interacción entre componentes proteicos y el ADN.
En realidad, la utilización de estas nuevas tecnologías no excluyen la utilización del método científico tal cual fue definido para el estudio de eventos particulares (por ejemplo la regulación de la expresión de un gen preciso). Al contrario una de las hipótesis de base para este tipo de estudios es que los mecanismos moleculares caracterizados en áreas especificas del genoma son en realidad una regla general de este; y he aquí que el concepto del método científico sufre una modificación importante. En efecto, si bien la elaboración de una hipótesis no queda en duda, el carácter binomial del resultado de la experimentación es discutible. Una de las conclusiones más comunes de estudios globales en sistemas biológicos es el hecho de que los estudios previos realizados en casos particulares no representan el comportamiento global y que como podría esperarse, los sistemas biológicos son más complejos de lo que los modelos previos habían previsto. Esto significa que en general las hipótesis de base, las cuales son resultado de estudios de eventos particulares, aparecen ser erróneas y demuestran claramente que nuestra comprensión del funcionamiento a nivel global de los sistemas biológicos es bastante pequeña. De esto podemos inferir que la acumulación de información global nos llevara muy pronto a generar hipótesis mas precisas.
En junio del 2008, el editor en jefe de la revista Wired, Chris Anderson, publico una nota editorial en la que indica de forma provocativa el final del método científico debido a la capacidad de las nuevas tecnologías de generar cantidades de información tan grandes, en las que las hipótesis de base ya no son necesarias, y en el que poderosos análisis estadísticos remplazan la comprensión de eventos desde un punto de vista “causa-efecto” por una basada en puras correlaciones directas. Las críticas a esta publicación no se hicieron esperar, recordando principalmente que la piedra angular de la ciencia es la comprensión y no así la asociación de los eventos de estudio. La transición entre el estudio de eventos específicos y eventos globales en biología se asemeja bastante al periodo en el cual los naturalistas dieron el paso decisivo entre la simple observación de eventos biológicos a la experimentación a través de la alteración de estos afín de comprender su funcionamiento. En efecto, para poder generar hipótesis o modelos se necesitan conocimientos previos y en el campo del funcionamiento de sistemas biológicos a nivel global, es posible que estemos en la etapa de acumulación de información para pronto poder establecer modelos que puedan permitirnos seguir el método científico afín de mejorar nuestro entendimiento.

martes, 5 de mayo de 2009

NUESTROS PRIMEROS PASOS

ANTECEDENTES

INWENT. Internationale Weiterbildung und Entwicklung gGmbH (Capacitación y Desarrollo Internacional), es una organización de la Cooperación Alemana, la cual coopera con personas en posiciones claves apoyándolas en la implementación de procesos de transformación en sus respectivos países. InWent al capacitar a personas contribuye a que éstas transmitan sus conocimientos y cambien estructuras a largo plazo. La implementación del Laboratorio de Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Agrícolas y Pecuarias, se inicio en junio del 2007, gracias al apoyo financiero de la Organización Alemana INWENT, mediante la ejecución de proyecto de transferencia de sus ex becarias. (Rosalia Torrico V, Erika Pérez S y Karen K. Melgarejo S.)

VISION

La Universidad es la primera fuente de formación profesional, en ella es importante que los docentes y autoridades ofrezcan las mejores condiciones para los estudiantes y estos a su vez aprovechen las oportunidades que se les brinda. La capacitación y la Transferencia de Tecnología es nuestra visión, creemos que en los estudiantes esta el Recurso Humano, que necesita ser “Altamente Capacitado” para responder a las necesidades, solo así se puede hablar de Desarrollo para el nuevo milenio.

Cuales son nuestros objetivos?

En los últimos años se ha venido implementando un plan estratégico de conservación de Recursos Fitogenéticos, en instancias gubernamentales, bancos de Germoplasma y en las universidades .Esta importancia radica en que se pueda conservar, estudiar y aprovechar de mejor manera estos recursos que son el patrimonio de cada país.

De esta manera al Implementar el Laboratorio de Biología Molecular en la Facultad de Agronomía, se quiere complementar el trabajo que viene haciendo el Departamento de Recursos Fitogeneticos (Lab. Biotecnología) a cargo del Ing. M.Sc. Gino Aguirre.
Dentro de nuestros Objetivos están:

· Que la FCAyP — UMSS cuente con un Laboratorio de Biología Molecular y técnicos competentes para generar proyectos de investigación”. Así mismo sea un complemento de estudio para
los diferentes Centros de Investigación dentro de la Universidad
Mayor de San Simón.
· Que los alumnos de Pre y Posgrado realicen sus prácticas de Laboratorio, con lo que se espera que tengan un mayor conocimiento
· sobre técnicas moleculares y su aplicación en el manejo y conservación de Recursos Genéticos.
· Generar una conciencia hacia la conservación y cuidado de la Biodiversidad , Biotecnología y Bioseguridad a través de cursos , seminarios, ferias, etc.

CUALES SON NUESTRAS ACTIVIDADES

Principalmente en Frutales Nativos Tropicales y de Valles, para revalorizar los recursos genéticos y desarrollar estrategias de conservación mediante las caracterizaciones moleculares y la búsqueda de productos secundarios de importancia económica. Hasta la fecha el laboratorio ha desarrollado varios protocolos de obtención del DNA en especies frutales como la Chirimoya Nativa (Annona cherimoya) donde se han realizado ensayos a nivel de Marcadores Moleculares RAPD´s para ver la distribución filogenética de los especímenes así como determinar la diversidad genética. Se ha realizado el estudio Molecular inicial en especies forrajeras nativas como la Festuca, Cebadilla Criolla y el Pasto Llorón, para confirmar las respuestas de estos a niveles de Ploidizacion, bajo el proyecto de mejoramiento de Forrajeras Nativas para el Altiplano y Valles de Bolivia.

La investigación que se viene realizando se centra actualmente en la Colección de Duraznos “Gumucio rey” del centro Experimental “San Benito” en la provincia del mismo nombre, el objetivo de la investigación es realizar un estudio de diversidad Genética para ayudar al banco en su estrategia de conservación. Se sabe que la variedad Gumicio rey es endémica del departamento, la cual tiene valores de productividad deseables para muchos de los agricultores y se consideraría una buena opción para la producción y la exportación.




Figura1. Extracción de DNA, protocolo Dellaporta modificado, Variedad Gumucio rey.

En la parte de capacitación continua el Laboratorio de Biología Molecular cuenta con un programa de formación en técnicas Biotecnologías orientadas a la Biodiversidad y Conservación de Recursos Genéticos.

Hasta la fecha se han capacitado a mas de 80 estudiantes y profesionales, mediante los cursos de Cultivo In Vitro, Biología Molecular y Biotecnología. Además de seminarios y Ferias educativas impartidos entre los estudiantes de la FCAyP y publico en general.


Figura 2, Análisis de RAPD´S en Chirimoya. Trabajo de Maestría. Tesista Lucia Pérez.

AGRADECIMIENTOS

A la Organización InWent por el financiamiento otorgado para realizar este proyecto y por creer en nosotras.
A las Autoridades de la Facultad de Agronomía y en especial al Ing. M.Sc. Guino Aguirre por apoyarnos a pesar de las dificultades